ثالثا: منهجه في ترتيب أحاديث سننه:

1- الترتيب على أبواب الفقه: رتّب الإمام الترمذي كتابه على أبواب الفقه، لأن الأحاديث التي أوردها يغلب عليها أحاديث الأحكام، ولذا سُـمّيَ بالسنن، ولكنه أورد في آخر جامعه أحاديث صفة القيامة والتفسير والمناقب.

2- ترتيب الأحاديث في الباب: اعتمد الإمام الترمذي تقديم الأحاديث المعلولة، حيث كان يبدأ بالأحاديث الغريبة المعلولة غالبا، ثم يذكر الأحاديث الصحيحة، وقصده بذلك أن يبيّن ما فيها من العلل، ثم يبيّن الصحيح في الإسناد، وكان ذلك أغلبيٌّ، أي أنه قد يبدأ بالحديث الصحيح ثم يُتبعه حديثا آخر مثله في الصحة أو دونه.

رابعا: منهجه في غير الموصول (المرسل والمنقطع):

لم يشترط الإمام الترمذي على نفسه أن يُخرج الموصول فقط؛ ولذا أخرج بعض الأحاديث المرسلة والمنقطعة، وهي عنده على نوعين:

1- مرسل التابعي: وهو المشهور عند المحدثين في استعمال المرسل.
2- المنقطع: حيث يُطلق الإمام الترمذي عدة عبارات تفيد الانقطاع، فأحيانا يقول: "مرسل"، وأحيانا يستعمل اللفظ الشائع لدى المحدثين وهو "المنقطع"، وكثيرا ما يقول: "إسناده ليس بمتصل".

خامسا: منهجه في الآثار الموقوفة:

كان الإمام الترمذي يبيّن مذاهب الفقهاء من الصحابة والتابعين ومن بعدهم بعبارات صريحة، ويذكر الحديث الموقوف ويقول: "حديثٌ موقوف"، أو يقول: "فلانٌ لم يرفعه"، وكان يورد الموقوف أحيانا يقوِّي به الحديث الضعيف فيصير حسنا.

سادسا: منهجه في تكرار الحديث:

تجنّب الإمام الترمذي التكرار، فلم يتكرر عنده إلا القليل من الحديث، في مواضع قليلة، حتى لا يَعرف الناظر فيه ذلك إلا بعد التأمل والبحث، ولكنه في تكراره قد يُراعي المغايرة بفائدة جديدة في متن الحديث أو إسناده، وقد لا يُراعي ذلك.

سابعا: منهجه في بيان طرق الحديث واختصارها:

الأصل في إخراج الأحاديث بأسانيدها أن يُفرَد كل حديث بالرواية سنداً ومتناً، ولكن خشية التطويل دفعت الأئمة – ومنهم الإمام الترمذي – إلى اتباع طرق للاختصار، منها:

1- جمع الشيوخ بالعطف: جمع بين شيوخه بالعطف بحرف الواو، طلبا للاختصار، وعدم تكرار الجزء المشترك من الإسناد بأكمله، ومن ذلك قوله في سننه: "حدثنا قُتيبة وهنّاد ومحمود بن غيلان، قالوا: حدثنا وكيع..." الحديث.

2- جمع الأسانيد بالتحويل: جمع بين الأسانيد باستخدام حرف يدل على التحويل -أي الانتقال من سند إلى آخر- وهو حرف "ح"، والهدف من التحويل اختصار الأسانيد التي تلتقي عند راو معين، بعدم تكرار القدر المشترك بينها، وتوضع حاء التحويل "ح" عند الراوي الذي تلتقي عند الأسانيد، ويكون عليه مدار مخرج الحديث، وقد توضع حاء التحويل بعد ذكر جزء من المتن، عند الموضع الذي يبدأ فيه اختلاف الروايتين.

3- ذكر بعض الطرق أو جزء من حديث والإشارة إلى الباقي للاختصار: إذا كان للحديث أكثر من إسناد أو متن، فإنه قد يذكر بعضها ويشير إلى باقيها، دون أن يذكرها بطولها، قال الإمام الترمذي في سننه بعد أن ذكر أحد الأحاديث: "وقد رُوي من غير وجه عن أبي هريرة عن النبي صلى الله عليه وسلم هذا الحديث، وحديث أبي هريرة إنما صحّ لأنه رُوي من غير وجه".

ثامنا: منهجه في الجرح والتعديل وتعريف الرواة:

اعتاد الإمام الترمذي ذكر شيء من تعديل بعض الرواة أو تجريحهم كلما دعت حاجةٌ إلى ذلك، وقد يذكر شيئاً من التعريف ببعض الرواة كبيان أن فلانا من الصحابة أو التابعين، أو أنه كوفيٌّ أو بصريٌّ، أو بيان تاريخ مولد أو وفاة أو اختلاط راوٍ معيّن، وغير ذلك مما ينفع في توضيح اتصال أو انقطاع بين راويين، أو تمييز راو من غيره.
ومن أمثلة ما أورده في الجرح والتعديل بعد إيراده للحديث قوله: "وابن لهيعة ضعيفٌ عند أهل الحديث، ضعّفه يحيى بن سعيد القطان وغيره من قِبـَلِ حفظه"، ومثال ما أورده لتوضيح انقطاع بين راويين قوله: "قال ابن عيينة: لم يسمع عبد الكريم من حسان بن بلال حديث التخليل".